根据新一轮本科教育教学审核评估工作部署，10月14日开始，由南京医科大学党委书记兰青担任组长、苏州大学原副校长陈卫昌担任副组长的教育部本科教育教学审核评估专家组对山东第二医科大学开展审核评估工作。
10月17日，本科教育教学审核评估线上评估启动会召开，兰青从“准确把握审核评估核心要义”“落实审核评估工作要求”“建立评估者和被评者之间互帮互学的关系”“专家组郑重承诺”四个方面介绍审核评估任务要求；山东省教育厅总督学王浩代表省教育厅感谢专家对山东高等教育的关心支持并从高度重视本科教育教学审核评估、准确把握新一轮审核评估的精髓要义、全力配合扎实做好评估各项工作三方面提出工作要求；学校党委副书记、校长管英俊在表态发言中表示学校将把审核评估作为持续改进提高、凝练办学特色、提升育人水平的关键抓手，进一步树牢人才培养中心地位和本科教育教学核心地位。专家组全体成员线上参会，学校领导班子成员，各部门、各教学单位负责人和本科教育教学审核评估评建工作办公室全体人员参加会议。
11月6日，本科教育教学审核评估专家入校评估说明会召开。审核评估专家组全体成员出席会议，专家组组长兰青就线上评估情况和本次入校评估的相关工作要求进行说明，他表示入校评估是根据教育部关于本科教育教学审核评估指导精神，结合前期线上评估情况，通过多种方式全面了解评价学校本科教育教学工作现状，促进学校教育教学工作的持续改进和质量的不断提升；潍坊市委书记刘运会前会见专家组一行。
管英俊致辞并作审核评估补充汇报，她向各位专家自线上评估以来对学校进行的全面指导和辛勤付出表示感谢，并从“砥砺奋进，夯实本科教育教学基础”“深化改革，实现高质量内涵式发展”“厚德载医，打造医学人才培养品牌”“持续改进，续写高质量发展新篇章”四个方面简要介绍了学校发展举措与育人成效。
11月8日，本科教育教学审核评估专家意见交流会召开。专家组组长兰青就山东第二医科大学本科教育教学审核评估整体情况进行反馈，专家组副组长陈卫昌，专家组成员滨州医学院副校长谢书阳、天津医科大学公共卫生学院原院长黄国伟、广州医科大学基础医学院院长马宁芳、广州中医药大学教务处原处长曾元儿、重庆医科大学医学信息学院院长赵文龙分别反馈考察意见。
专家组一致认为，在新一轮本科教育教学审核评估工作中，学校坚持“以评促建、以评促改、以评促管、以评促强”的方针，聚焦评估目标要求，将评估工作与日常教育教学有机结合、与管理服务深度融合、与学生发展有效衔接，通过自评自建推动本科教育发展迈上新台阶。在“强化党的全面领导，落实立德树人根本任务”“加强师德师风建设，弘扬践行教育家精神”“改善办学条件，树牢本科教学核心地位”“构建数字育人全环境，赋能教育教学”“坚持‘五育并举’，促进学生全面发展”“深化产教融合，助推应用型人才培养”等方面取得了显著成绩。根据考察情况，专家组反馈了学校在教育教学管理机制、专业设置、教学理念、高水平师资队伍建设、附属医院人才培养主阵地、科研能力等方面存在的问题和改进建议。经专家组集体研究决定，予以推荐学校《数字赋能“教、学、督、管、评”全环境育人新形态》典型示范案例。
省教育厅高等教育处二级调研员刘青讲话。她从坚持以本为本、不断夯实本科教育教学核心地位，突出问题导向、认真抓好反馈问题整改落实，彰显办学特色、更好服务经济社会发展需求三个方面对学校提出要求，要求学校把专家意见建议融入当前工作和长远发展规划，与重点攻坚工作同部署同推进，做强做优一批高水平学科专业，通过质量立校、人才强校、科研兴校、依法治校等多措并举，为中国式现代化山东实践贡献山二医智慧和力量。
管英俊在表态发言中表示，专家组意见建议具有很强的理论性、针对性和指导性，为学校全面提升本科教育教学水平提供了良方、指明了方向，对学校加快建设特色鲜明、国内知名的高水平医科大学意义深远。学校全面接受专家反馈意见，扎实做好整改提升：一要坚持问题导向，以清单式管理扎实推进审核评估整改工作。认真研究专家组反馈意见，全面系统梳理问题，制定科学有效的整改方案，建立责任清单和整改台账，实现问题整改全覆盖、工作推进见实效，真正把专家意见建议转化为提升本科教育教学质量的强劲动力。二要坚持目标导向，以立体式谋划持续巩固本科教育教学中心地位。夯实立德树人根本任务，坚持“以本为本”，推进“四个回归”，切实将“学生中心、产出导向、持续改进”的理念落实到教育教学各环节、贯穿于人才培养全过程，深入推进本科教育教学改革创新，努力培养更多立报国强国大志向、做挺膺担当奋斗者的卓越医学人才。三要坚持效果导向，以闭环式落实不断强化质量保障体系建设。以“自觉、自省、自律、自查、自纠”大学质量文化建设为抓手，加快完善本科教育教学质量保障体系，进一步更新创新教育教学理念，理顺教育教学管理机制，优化学科专业设置结构，建强高水平师资队伍，建设一流专业、一流课程、一流教材，抓牢科技创新强劲动力，夯实附属医院人才培养主阵地作用，不断提升办学核心竞争力和育人综合影响力，实现特色发展、创新发展、高质量发展，办好人民满意的医学教育。
评估期间，专家组线上线下相结合，通过听课看课、座谈访谈、调阅材料和考察走访等方式，实地考察了部门、二级学院以及图书馆、校史馆、临床能力培训中心、文体活动中心、乐道济世书院、教室、实验室、附属医院、第一附属医院、附属中医院等场所，对学校本科教育教学情况进行了全面、深入的考察评估。
